Завантажити повний текст статті у PDF

Teniaiev V, Saienko A, Peka M, Tsereniuk O. Genotyping of Ukrainian Large White pigs by intronic polymorphism in HMGA1 gene. Bìol Tvarin. 2025; 27 (4): 58–63. DOI: 10.15407/animbiol27.04.067.
https://doi.org/10.15407/animbiol27.04.067
Received 09.11.2025 ▪ Revision 10.01.2026 ▪ Accepted 15.01.2026 ▪ Published online 16.02.2026

---

Генотипування свиней української великої білої породи за інтронним поліморфізмом гена HMGA1

В. Теняєв¹, А. Саєнко¹, М. Пека¹^,², О. Церенюк¹

Ця електронна адреса захищена від спам-ботів. Вам необхідно увімкнути JavaScript, щоб побачити її.

¹Інститут свинарства і агропромислового виробництва НААН України, вул. Шведська Могила, 1, м. Полтава, 36013, Україна
²Харківський національний університет імені В. Н. Каразіна, пл. Свободи, 4, м. Харків, 61022, Україна

---

Ген HMGA1 (High Mobility Group AT-hook 1) вважається локусом-кандидатом для ознак, пов’язаних із ростом і вгодованістю у свиней, завдяки його участі в регуляції транскрипції та енергетичному метаболізмі та його локалізації в області на локусу кількісних ознак (QTL) на хромосомі 7 Sus scrofa. Метою цього дослідження було охарактеризувати раніше описаний інтронний поліморфізм гена HMGA1 в українській популяції великої білої породи свиней та оцінити його популяційно-генетичні параметри для можливого застосування в маркер-асоціованій селекції. Аналіз in silico на основі референтного генома Sscrofa11.1 був проведений для визначення геномної локалізації ампліфікованого фрагмента, опису поліморфізму відповідно до номенклатури Ensembl та ідентифікації його rsID в European Variation Archive. Генотипування 30 свиней української великої білої породи проводили методом полімеразної ланцюгової реакції–поліморфізму довжини рестрикційних фрагментів (ПЛР–ПДРФ) з ендонуклеазою рестрикції NaeI. Поліморфний сайт був локалізований у позиції 7:30,326,531 та ідентифікований як rs80981303 (c.220-170C>T). Популяційний аналіз виявив частоти генотипів 0,10 (CC), 0,40 (CT) і 0,50 (TT), з частотами алелів C — 0,30 і T — 0,70. Розподіл генотипів не відхилявся від рівноваги Харді–Вайнберга (χ² = 0,068, P=0,794). Значення інформаційного змісту поліморфізму (PIC=0,3318) вказувало на достатню інформативність локусу. Отримані результати підтверджують поліморфність гена HMGA1 у свиней української великої білої породи та підтверджують потенційну корисність rs80981303 як генетичного маркера. Подальші дослідження асоціації з продуктивними ознаками можуть обґрунтувати його практичне застосування в програмах розведення свиней.

Ключові слова: ген HMGA1, свиня, українська велика біла порода, інтронний поліморфізм, ПЛР–ПДРФ, популяційна генетика, маркер-асоційована селекція

---

1. Altschul SF, Gish W, Miller W, Myers EW, Lipman DJ. Basic local alignment search tool. J Mol Biol. 1990; 215 (3): 403–410. DOI: 10.1016/S0022-2836(05)80360-2.
2. Balatsky VN, Saienko AM, Pena RN, Buslyk TV, Gibolenko OS. Genetic diversity of pig breeds on ten production quantitative traits loci. Cytol Genet. 2015; 49 (5): 299–307. DOI: 10.3103/S0095452715050023.
3. Cezard T, Cunningham F, Hunt SE, Koylass B, Kumar N, Saunders G, Shen A, Silva AF, Tsukanov K, Venkataraman S, Flicek P, Parkinson H, Keane TM. The European Variation Archive: A FAIR resource of genomic variation for all species. Nucl Acids Res. 2022; 50 (D1): D1216–D1220. DOI: 10.1093/nar/gkab960.
4. Chiefari E, Foti DP, Sgarra R, Pegoraro S, Arcidiacono B, Brunetti FS, Greco M, Manfioletti G, Brunetti A. Transcriptional regulation of glucose metabolism: The emerging role of the HMGA1 chromatin factor. Front Endocrinol. 2018; 9: 357. DOI: 10.3389/fendo.2018.00357.
5. Dai S, Long Y. Genotyping analysis using an RFLP assay. In: Batley J (ed). Plant Genotyping. Methods and Protocols. Humana New York, 2015: 91–99. DOI: 10.1007/978-1-4939-1966-6_7.
6. Ding R, Zhuang Z, Qiu Y, Ruan D, Wu J, Ye J, Cao L, Zhou S, Zheng E, Huang W, Wu Z, Yang J. Identify known and novel candidate genes associated with backfat thickness in Duroc pigs by large-scale genome-wide association analysis. J Anim Sci. 2022; 100 (2): skac012. DOI: 10.1093/jas/skac012.
7. Dyer SC, Austine-Orimoloye O, Azov AG, Barba M, Barnes I, Barrera-Enriquez VP, Becker A, Bennett R, Beracochea M, Berry A, Bhai J, Bhurji SK, Boddu S, Branco Lins PR, Brooks L, Ramaraju SB, Campbell LI, Martinez MC, Charkhchi M, Cortes LA, Davidson C, Denni S, Dodiya K, Donaldson S, El Houdaigui B, El Naboulsi T, Falola O, Fatima R, Genez T, Martinez JG, Gurbich T, Hardy M, Hollis Z, Hunt T, Kay M, Kaykala V, Lemos D, Lodha D, Mathlouthi N, Merino GA, Merritt R, Mirabueno LP, Mushtaq A, Hossain SN, Pérez-Silva JG, Perry M, Piližota I, Poppleton D, Prosovetskaia I, Raj S, Salam AIA, Saraf S, Saraiva-Agostinho N, Sinha S, Sipos B, Sitnik V, Steed E, Suner MM, Surapaneni L, Sutinen K, Tricomi FF, Tsang I, Urbina-Gómez D, Veidenberg A, Walsh TA, Willhoft NL, Allen J, Alvarez-Jarreta J, Chakiachvili M, Cheema J, da Rocha JB, De Silva NH, Giorgetti S, Haggerty L, Ilsley GR, Keatley J, Loveland JE, Moore B, Mudge JM, Naamati G, Tate J, Trevanion SJ, Winterbottom A, Flint B, Frankish A, Hunt SE, Finn RD, Freeberg MA, Harrison PW, Martin FJ, Yates AD. Ensembl 2025. Nucl Acids Res. 2025; 53 (D1): D948–D957. DOI: 10.1093/nar/gkae1071.
8. Federico A, Forzati F, Esposito F, Arra C, Palma G, Barbieri A, Palmieri D, Fedele M, Pierantoni GM, De Martino I, Fusco A. Hmga1/Hmga2 double knock-out mice display a “superpygmy” Biol Open. 2014; 3 (5): 372–378. DOI: 10.1242/bio.20146759.
9. Fu M, Zhou X, Liu Z, Wang T, Liu B. Genome-wide association study reveals a genomic region on SSC7 simultaneously associated with backfat thickness, skin thickness and carcass length in a Large White × Tongcheng advanced generation intercross resource population. Anim Genet. 2023; 54 (2): 216–219. DOI: 10.1111/age.13285.
10. Gong H, Xiao S, Li W, Huang T, Huang X, Yan G, Huang Y, Qiu H, Jiang K, Wang X, Zhang H, Tang J, Li L, Li Y, Wang C, Qiao C, Ren J, Huang L, Yang B. Unravelling the genetic loci for growth and carcass traits in Chinese Bamaxiang pigs based on a 1.4 million SNP array. J Anim Breed Genet. 2019; 136 (1): 3–14. DOI: 10.1111/jbg.12365.
11. Gong J, Yue J, Zhao L, Liu Y, Want L, Liu X, Sun J. Tissue expression profiles of HMGA1 gene in pigs and its association with backfat thickness. Acta Vet Zootech Sinica. 2019; 50 (7): 1340–1346. DOI: 10.11843/j.issn.0366-6964.2019.07.003. (in Chinese)
12. Hong J, Kim D, Cho K, Sa S, Choi S, Kim Y, Park J, Schmidt GS, Davis ME, Chung H. Effects of genetic variants for the swine FABP3, HMGA1, MC4R, IGF2, and FABP4 genes on fatty acid composition. Meat Sci. 2015; 110: 46–51. DOI: 10.1016/j.meatsci.2015.06.011.
13. Hu ZL, Dracheva S, Jang W, Maglott D, Bastiaansen J, Rothschild MF, Reecy JM. A QTL resource and comparison tool for pigs: PigQTLDB. Mamm Genome. 2005; 16 (10): 792–800. DOI: 10.1007/s00335-005-0060-9.
14. Hu ZL, Park CA, Reecy JM. Bringing the Animal QTLdb and CorrDB into the future: Meeting new challenges and providing updated services. Nucleic Acids Res. 2022; 50 (D1): D956–D961. DOI: 10.1093/nar/gkab1116.
15. Iiritano S, Chiefari E, Ventura V, Arcidiacono B, Possidente K, Nocera A, Nevolo MT, Fedele M, Greco A, Greco M, Brunetti G, Fusco A, Foti D, Brunetti A. The HMGA1-IGF-I/IGFBP system: A novel pathway for modulating glucose uptake. Mol Endocrinol. 2012; 26 (9): 1578–1589. DOI: 10.1210/me.2011-1379.
16. Ji J, Yan G, Chen D, Xiao S, Gao J, Zhang Z. An association study using imputed whole-genome sequence data identifies novel significant loci for growth-related traits in a Duroc × Erhualian F₂ J Anim Breed Genet. 2019; 136 (3): 217–228. DOI: 10.1111/jbg.12389.
17. Kerstens HH, Kollers S, Kommadath A, Del Rosario M, Dibbits B, Kinders SM, Crooijmans RP, Groenen MA. Mining for single nucleotide polymorphisms in pig genome sequence data. BMC Genom. 2009; 10: 4. DOI: 10.1186/1471-2164-10-4.
18. Kim KS, Lee JJ, Shin HY, Choi BH, Lee CK, Kim JJ, Cho BW, Kim TH. Association of melanocortin 4 receptor (MC4R) and high mobility group AT-hook 1 (HMGA1) polymorphisms with pig growth and fat deposition traits. Anim Genet. 2006; 37 (4): 419–421. DOI: 10.1111/j.1365-2052.2006.01482.x.
19. Kim KS, Thomsen H, Bastiaansen J, Nguyen NT, Dekkers JCM, Plastow GS, Rothschild MF. Investigation of obesity candidate genes on porcine fat deposition quantitative trait loci regions. Obes Res. 2004; 12 (12): 1981–1994. DOI: 10.1038/oby.2004.249.
20. Li J, Wu J, Jian Y, Zhuang Z, Qiu Y, Huang R, Lu P, Guan X, Huang X, Li S, Min L, Ye Y. Genome-wide association studies revealed significant QTLs and candidate genes associated with backfat and loin muscle area in pigs using imputation-based whole genome sequencing data. Animals. 2022; 12 (21): 2911. DOI: 10.3390/ani12212911.
21. Li M, Pu L, MacHugh DE, Tian J, Wang X, Zhao Q, Shi L, Gao H, Yu Y, Wang L, Zhao F. Genome-wide association studies of novel resilience traits identify important immune QTL regions and candidate genes in Duroc pigs. J Integr Agric. 2025; 24 (11): 4355–4369. DOI: 10.1016/j.jia.2024.04.017.
22. Liu H, Song H, Jiang Y, Jiang Y, Zhang F, Liu Y, Shi Y, Ding X, Wang C. A single-step genome wide association study on body size traits using imputation-based whole-genome sequence data in Yorkshire pigs. Front Genet. 2021; 12: 629049. DOI: 10.3389/fgene.2021.629049.
23. Liu X, Wang L, Liang J, Yan H, Zhao K, Li N, Zhang LC, Wang L. Genome-wide association study for certain carcass traits and organ weights in a Large White×Minzhu intercross porcine population. J Integr Agric. 2914; 13 (12): 2721–2730. DOI: 10.1016/S2095-3119(14)60787-5.
24. Makgahlela M, Fan B, Du ZQ, Rothschild M. Investigation of effects of three candidate genes on leg action and fat deposition traits in pigs. S Afr J Anim Sci. 2009; 39 (2): 127–130. DOI: 10.4314/sajas.v39i2.44386.
25. Peakall R, Smouse PE. GenAlEx 6: Genetic analysis in Excel. Population genetic software for teaching and research. Mol Ecol Notes. 2006; 6 (1): 288–295. DOI: 1111/j.1471-8286.2005.01155.x.
26. Peakall R, Smouse PE. GenAlEx 6.5: Genetic analysis in Excel. Population genetic software for teaching and research — an up Bioinformatics. 2012; 28 (19): 2537–2539. DOI: 10.1093/bioinformatics/bts460.
27. Qiao R, Gao J, Zhang Z, Li L, Xie X, Fan Y, Cui L, Ma J, Ai H, Ren J, Huang L. Genome-wide association analyses reveal significant loci and strong candidate genes for growth and fatness traits in two pig populations. Genet Sel Evol. 2015; 47 (1): 17. DOI: 10.1186/s12711-015-0089-5.
28. Walsh PS, Metzger DA, Higushi R. Chelex 100 as a medium for simple extraction of DNA for PCR-based typing from forensic material. Biotechniques. 2013; 54 (3): 134–139. DOI: 10.2144/000114018.
29. Wang H, Wang X, Li M, Sun H, Chen Q, Yan D, Dong X, Pan Y, Lu S. Genome-wide association study of growth traits in a four-way crossbred pig population. Genes. 2022; 13 (11): 1990. DOI: 10.3390/genes13111990.
30. Wang L, Zhang J, Xia M, Liu C, Zu X, Zhong J. High Mobility Group A1 (HMGA1): Structure, biological function, and therapeutic potential. Int J Biol Sci. 2022; 18 (11): 4414–4431. DOI: 10.7150/ijbs.72952.
31. Wang L, Zhang L, Yan H, Liu X, Li N, Liang J, Pu L, Zhang Y, Shi H, Zhao K, Wang L. Genome-wide association studies identify the loci for 5 exterior traits in a Large White × Minzhu pig population. PLoS One. 2014; 9 (8): e103766. DOI: 10.1371/journal.pone.0103766.
32. Warr A, Affara N, Aken B, Beiki H, Bickhart DM, Billis K, Chow W, Eory L, Finlayson HA, Flicek P, Girón CG, Griffin DK, Hall R, Hannum G, Hourlier T, Howe K, Hume DA, Izuogu O, Kim K, Koren S, Liu H, Manchanda N, Martin FJ, Nonneman DJ, O‘Connor RE, Phillippy AM, Rohrer GA, Rosen BD, Rund LA, Sargent CA, Schook LB, Schroeder SG, Schwartz AS, Skinner BM, Talbot R, Tseng E, Tuggle CK, Watson M, Smith TPL, Archibald AL. An improved pig reference genome sequence to enable pig genetics and genomics research. Gigascience. 2020; 9 (6): giaa051. DOI: 10.1093/gigascience/giaa051.
33. Waters DL, Shapter FM. The polymerase chain reaction (PCR): General methods. In: Henry RJ, Furtado A (eds). Cereal Genom. Methods and Protocols. Humana Totowa, 2014: 65–75. DOI: 10.1007/978-1-62703-715-0_7.
34. Xie L, Qin J, Rao L, Cui D, Tang X, Chen L, Xiao S, Zhang Z, Huang L. Genetic dissection and genomic prediction for pork cuts and carcass morphology traits in pig. J Anim Sci Biotechnol. 2023; 14 (1): 116. DOI: 10.1186/s40104-023-00914-4.
35. Zhang LC, Li N, Liu X, Liang J, Yan H, Zhao KB, Pu L, Shi HB, Zhang YB, Wang LG, Wang LX. A genome-wide association study of limb bone length using a Large White × Minzhu intercross pop Genet Sel Evol. 2014; 46 (1): 56. DOI: 10.1186/s12711-014-0056-6.