ВИДІЛЕННЯ ТА ІДЕНТИФІКАЦІЇ МОЛОЧНОКИСЛИХ БАКТЕРІЙ ЗА ДОПОМОГОЮ МЕТОДУ RFLP-PCR ГЕНУ 16S рРНК
І.М.Сливка1, О.Й.Цісарик1, T.Боцер2
slyvka.88@ukr.net, tsisaryk_o@yahoo.com
1Львівський національний університет ветеринарної медицини та біотехнологій
імені С. З. Ґжицького, вул. Пекарська, 50, м. Львів, 79010, Україна
2Жешувський університет, вул. Соколовська, 26, м. Кольбушово, 36-100, Польща
Застосування генетично-молекулярних методів для ідентифікації молочнокислих бактерій (МКБ) є одним із критеріїв відбору штамів МКБ перспективних для використання їх в біотехнології та харчовій промисловості. Метою дослідження було ідентифікувати МКБ, виділені із овечого сиру, який традиційно виготовляється в Карпатському регіоні України. Для ідентифікації МКБ використано метод аналізу довжин рестрикційних фрагментів ДНК (англ. restriction fragment length polymorphism RFLP) на основі полімеразної ланцюгової реакції (англ. polymomerase chain reaction PCR). Із дослідного зразка сиру виділено 28 штамів бактерій роду Lactobacillus. Для порівняльного аналізу рестрикційних фрагментів ДНК використано 12 референтних штамів бактерій роду Lactobacillus.
Виділення геномної ДНК з отриманих культур бактерій проводили, використовуючи набір Genomic Mini фірми A&A Biotechnology. Для ампліфікації гену 16S рРНК використано пару праймерів EGE1 та 1492R, фірми Sigma-Aldrich. Для розсікання ампліфікованої ДНК використано два ензими RsaI та HinfI.
Метод RFLP-PCR дав змогу виділити кілька різних профілів рестрикційних фрагментів ДНК. За подібністю розташування рестрикційних фрагментів ДНК досліджуваних штамів МКБ в агарозному гелі було виділено три групи бактерій із використанням ензиму HinfI та чотири групи бактерій із використанням ензиму RsaI.
На основі порівняльного аналізу рестрикційних фрагментів ДНК досліджуваних штамів МКБ із референтними штамами ідентифіковано два види бактерій роду Lactobacillus. При використанні ензиму RsaI визначено вид Leuconostoc mesenteroides ssp. mesenteroides та при використанні ензиму HinfI вид Lactococcus lactis ssp.
Метод RFLP-PCR є доцільним щодо визначення спорідненості виділених МКБ, виявлення їх гетерогенних властивостей та часткового визначення видової приналежності досліджуваних штамів бактерій.
Ключові слова: МОЛОЧНОКИСЛІ БАКТЕРІЇ, ГЕНОТИПУВАННЯ, ПОЛІМЕРАЗНА ЛАНЦЮГОВА РЕАКЦІЯ, АМПЛІФІКАЦІЯ, ПОЛІМОРФІЗМ
